과세연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제 방법  [대전지방법원 2016. 4. 27. 2015구합101718]

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법인 과세연도 중간 합병 시 연구비 세액공제 방법

본 판례는 법인이 과세연도 중간에 합병된 경우, 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제 방법을 다룹니다. 국승 대전지방법원 2015구합101718 판결을 바탕으로, 관련 법령 및 판결 내용을 상세히 분석합니다.

1. 사건 개요

원고인 xxx 유한회사는 반도체 및 디스플레이용 유기화학물질 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 2010년 7월 1일 aaa 유한회사를 흡수합병했습니다. 원고는 2010 사업연도 법인세 신고 시 연구비 지출에 대해 세액공제를 신청했으나, 피고 천안세무서장은 세액공제액을 재산정하여 경정청구를 거부했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

2. 관련 법령

• 조세특례제한법 제2조
• 조세특례제한법 제10조
• 조세특례제한법 시행령 제9조

3. 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 과세연도 중간에 합병이 이루어진 경우, 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제액을 어떻게 계산해야 하는가 하는 것입니다. 구체적으로, 합병법인이 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균 발생액을 계산할 때, 합병 후 개월 수를 기준으로 해야 하는지, 아니면 과세연도 전체 개월 수를 기준으로 해야 하는지가 문제되었습니다.

4. 원고의 주장

원고는 다음과 같이 주장했습니다.

1. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 따라, 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제액을 계산할 때 직전 4년간 연구비의 연평균 발생액을 합병 이후 개월 수로 환산해야 한다고 주장했습니다.
2. 만약 위와 같이 해석할 수 없다면, 조세평등주의에 위배된다고 주장했습니다.
3. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 단서를 유추 적용하여, 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균 발생액을 합병 후 연구비가 발생한 기간의 비율에 따라 환산해야 한다고 주장했습니다.

5. 법원의 판단

법원은 원고의 주장을 모두 기각했습니다. 법원은 다음과 같이 판단했습니다.

1. 조세법률주의에 따라, 세액공제 관련 법규는 엄격하게 해석해야 합니다.
2. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 규정된 계산식의 ‘해당 과세연도 개월 수’는 세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도를 의미합니다. 따라서 원고의 2010 사업연도 전체 개월 수인 12개월을 기준으로 해야 합니다.
3. 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 단서는 피합병법인의 사업 일부를 승계한 경우에 적용되는 것이므로, 이 사건과 같이 원고가 피합병법인의 사업 전부를 승계한 경우에는 적용될 수 없습니다.

6. 결론

법원은 피고의 처분이 적법하다고 판결했습니다. 즉, 합병법인이 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제액을 계산할 때, 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균 발생액을 과세연도 전체 개월 수를 기준으로 계산하는 것이 타당하다고 판단했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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