유예기간중에 있는 중소기업이 관계회사에 된다 하더라도 유예기간을 실효시키는 것은 아님  [서울행정법원 2016. 5. 27. 2015구합7357]

법인 유예기간 중 중소기업의 관계회사 편입과 유예기간 실효 여부

1. 사건 개요

본 판례는 중소기업 유예기간 중에 있는 법인이 관계회사에 편입되더라도 유예기간이 자동으로 실효되지 않는다는 점을 확인하고 있습니다.

2. 사실관계

2.1. 원고의 지위

원고는 화장지 등의 제조 및 도소매업을 영위하는 법인으로, 2010년에 매출액 1,000억 원을 초과하여 중소기업 범위를 벗어났습니다. 하지만 구 조세특례제한법 시행령에 따라 2010년부터 2013년까지 중소기업 유예기간을 적용받았습니다.

2.2. 관계회사 편입 및 세액 부과

원고는 00페이퍼라는 회사의 주식을 취득하여 관계회사가 되었고, 이후 피고는 원고와 00페이퍼의 매출액을 합산하여 중소기업 유예기간 적용을 배제하고 법인세를 부과했습니다.

3. 쟁점

본 사건의 쟁점은 중소기업 유예기간 중에 있는 법인이 관계회사에 해당하게 된 경우에도 유예기간을 계속 적용할 수 있는지 여부입니다.

4. 법원의 판단

4.1. 유예기간의 의미

법원은 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 따라, 중소기업이 규모 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 되더라도, 유예기간 동안에는 중소기업으로 간주하여 조세 감면을 적용해야 한다고 판단했습니다.

4.2. 관계회사 기준 도입과 유예기간

법원은 2012년 1월 1일 시행된 중소기업기본법 시행령 개정으로 관계회사 기준이 도입되었지만, 이로 인해 중소기업에 해당하지 않게 되더라도 기존 유예기간은 실효되지 않는다고 해석했습니다. 이는 개정 조세특례제한법 시행령 부칙에서 기존 유예기간의 실효에 대한 명시적인 규정이 없다는 점을 근거로 합니다.

4.3. 유예기간 실효 예외 규정

법원은 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단에서 “유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우”에만 유예기간이 실효된다고 명시하고 있다는 점을 강조하며, 관계회사 편입은 유예기간 실효 사유에 해당하지 않는다고 판시했습니다.

5. 판결 결과

법원은 원고의 청구를 받아들여 피고의 법인세 부과 처분을 취소했습니다.

6. 시사점

본 판례는 중소기업 유예기간 제도의 해석과 적용에 대한 중요한 지침을 제시합니다. 중소기업 유예기간 중 관계회사 편입만으로는 유예기간이 실효되지 않으며, 명시적인 규정이 없는 한 기존 유예기간은 유지된다는 점을 확인했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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