1+1조합원입주권의 양도를 1세대1주택 양도로 보아 장기보유특별공제율 80%를  [서울행정법원 2024. 10. 30. 2023구단60950]

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1+1 조합원입주권 양도 관련 판례 분석: 1세대 1주택 장기보유특별공제 적용 여부

본 판례는 1+1 조합원입주권을 양도한 경우, 이를 1세대 1주택 양도로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용할 수 있는지에 대한 서울행정법원의 판결을 다룹니다. 사건번호는 서울행정법원-2023-구단-60950이며, 2024년 10월 30일에 선고되었습니다. 판결의 주요 내용은 다음과 같습니다.

1. 사건 개요

원고는 서울 **구 **동의 아파트를 취득하여 소유하던 중, 재건축 사업으로 인해 2개의 조합원입주권을 보유하게 되었습니다. 이후 원고는 해당 아파트를 양도하면서 1세대 1주택 고가주택으로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 양도소득세를 신고했습니다. 그러나 피고(세무서장)는 원고가 2개의 조합원입주권을 양도한 것으로 판단하여, 먼저 양도한 것으로 보는 1개의 입주권에 대해서는 장기보유특별공제 30%를, 나중에 양도한 것으로 보는 나머지 1개의 입주권에 대해서는 1세대 1주택 고가주택으로 보아 장기보유특별공제 80%를 적용하여 과세 처분을 하였습니다.

2. 쟁점

본 사건의 쟁점은 1+1 조합원입주권의 양도를 1세대 1주택 양도로 볼 수 있는지, 그리고 장기보유특별공제율 80%를 적용할 수 있는지 여부입니다.

3. 법원의 판단

3.1. 주요 내용

법원은 다음과 같은 근거로 피고의 처분이 적법하다고 판단했습니다.

• 재건축 사업의 경우, 관리처분계획인가가 이루어지면 종전 부동산은 조합원입주권으로 전환됩니다.
• 원고는 이 사건 부동산 양도 당시 인가된 관리처분계획에 따라 2개의 조합원입주권을 취득한 상태로 평가됩니다.
• 양도인이 조합원입주권을 몇 개 취득하여 양도했는지는 관리처분계획인가 이후의 양도 시점을 기준으로 판단해야 하며, 분양신청 결과에 연동되거나 좌우되지 않습니다.

3.2. 원고의 주장 기각 사유

원고는 이 사건 부동산의 양도 당시 2개의 조합원입주권이 확정되지 않았고, 향후 분양신청 단계에서 1개의 주택으로 선택할 수 있다는 점을 근거로 2개의 조합원입주권으로 볼 수 없다고 주장했습니다. 그러나 법원은 이를 받아들이지 않았습니다.

• 법원은 조합원입주권과 분양권을 혼동한 주장이라고 지적했습니다.
• 원고가 2개의 조합원입주권을 보유한 지위는 양도 시점을 기준으로 이미 ‘확정’된 상태로 평가해야 합니다.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 피고의 과세 처분이 적법하다고 판결했습니다. 즉, 1+1 조합원입주권의 양도에 대해 1세대 1주택 양도로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용하는 것은 타당하지 않다는 결론을 내렸습니다.

5. 시사점

본 판례는 재건축 사업으로 인해 1+1 조합원입주권을 보유한 경우, 양도소득세 계산 시 주의해야 할 점을 시사합니다. 특히, 관리처분계획인가 이후에는 2개의 조합원입주권을 보유한 것으로 간주되어, 장기보유특별공제 적용에 제한이 있을 수 있다는 점을 유념해야 합니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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