과세연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제 방법  [대전지방법원 2016. 4. 27. 2015구합101718]

이 사건의 주요 쟁점은 과세연도 중간에 합병이 이루어진 경우, 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제액을 어떻게 계산해야 하는가 하는 것입니다. 구체적으로, 합병법인이 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균 발생액을 계산할 때, 합병 후 개월 수를 기준으로 해야 하는지, 아니면 과세연도 전체 개월 수를 기준으로 해야 하는지가 문제되었습니다.

4. 원고의 주장

원고는 다음과 같이 주장했습니다.

1. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 따라, 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제액을 계산할 때 직전 4년간 연구비의 연평균 발생액을 합병 이후 개월 수로 환산해야 한다고 주장했습니다.
2. 만약 위와 같이 해석할 수 없다면, 조세평등주의에 위배된다고 주장했습니다.
3. 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 단서를 유추 적용하여, 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균 발생액을 합병 후 연구비가 발생한 기간의 비율에 따라 환산해야 한다고 주장했습니다.