법인 분할존속법인의 증가분 방식 연구인력개발비세액공제 계산 시, 직전 4년간 연구개발비를 월할 계산하여야 하는지 여부

법원은 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서의 입법 및 개정 취지를 고려할 때 분할신설법인에게 적용되는 것이므로, 원고의 직전 4년간 연구개발비는 당해 연도 연구개발비와 대응되도록 분할일을 기준으로 월할 계산하여 산정함이 타당하다고 판단하였다.

🔹 판결 이유

법원은 다음과 같은 이유로 원고의 주장을 배척하였다.

1. 원고의 산정 방식은 직전 4년간 일반연구·인력개발비 연평균 발생액에서는 분할신설법인이 영위하게 되는 분할 전 원고 회사의 화장품·의약품 사업 부문에서 발생한 일반연구·인력개발비를 제외하는 반면, 당해 과세연도인 2012년도 일반연구·인력개발비에서는 분할 전 원고 회사의 위 화장품·의약품 사업 부문에서 발생한 일반연구·인력개발비를 포함시켜 계산함을 전제로 하고 있다. 이는 아무런 근거 없이 실질이 동일한 일반연구·인력개발비를 달리 취급하는 것이어서 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아 그 세액공제액을 산정할 수 있는 방법으로 보기 어렵다.

2. 원고 회사의 산정방식은 앞서 본 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서를 분할신설법인에 대한 규정에서 나아가 분할법인에 대한 규정이라고까지 봄을 전제로도 한 것이나, 이는 법령 조항의 문언, 내용 및 그 입법·개정 취지를 고려할 때 받아들일 수 없다.

3. 원고 회사는 자신의 주장에 부합하는 듯한 참고자료로 대전고등법원 2016. 9. 1. 선고 2016누11146 판결을 들고 있는바, 위 판결은 사업 전부를 승계한 합병법인 등에 관한 경우에 대한 것이어서 사업 일부를 승계한 피합병법인 등에 관한 이 사건과는 사실관계가 달라 이 사건에 그대로 적용하기 어렵다.