의료급여비용 및 의사소견서 발급비용 원천징수 관련 판례 정리

원고(국민건강보험공단)가 의료급여비용 지급 시 각 지방자치단체별 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하지 않고, 의료기관별 지급액을 기준으로 판단한 것은 일부 정당한 사유가 있어 가산세 일부를 취소

주요 내용

🔹 1. 사건의 배경

원고는 의료급여법에 따라 각 지방자치단체로부터 의료급여비용 지급 업무를 위탁받아 수행하며, 노인장기요양보험법에 따라 의사소견서 발급비용을 지급하는 업무도 수행. 피고는 원고가 의료기관별 지급액을 기준으로 원천징수세액의 소액 부징수 여부를 판단하지 않고, 각 지방자치단체별로 판단한 것을 문제 삼아 가산세를 부과.

🔹 2. 원고의 주장

• 각 지방자치단체별 지급액을 기준으로 소액 부징수 여부를 판단해야 함.
• 원천징수납부 불성실가산세 부과 대상에서 제외되어야 함.
• 정당한 사유로 가산세 감면이 필요함.
• 실질과세원칙, 조세법률주의, 신뢰보호원칙, 소급과세금지원칙 위반.

가. 소액 부징수 판단 기준

원천징수 및 소액 부징수 제도의 취지를 고려

• 원천징수 의무자가 지급하는 소득의 재원이 어디서 마련되었는지를 구별하여 소액 부징수를 판단할 합리적 사유 없음.
• 소득세를 납부할 의무가 있는 원천납세의무자, 즉 소득자가 각 지급일에 원천징수의무자로부터 지급받는 소득의 합계액을 기준으로 판단하는 것이 타당.
• 원고의 각 지방자치단체별 지급액을 기준으로 판단해야 한다는 주장은 기각.

나. 원천징수의무자 해당 여부

원고는 의료급여비용 지급 업무를 수행하면서 묵시적으로 위임받은 원천징수 업무도 함께 수행하고 있었으므로, 구 소득세법 제127조 제7항에서 정한

원천징수의무자에 해당

다. 가산세 감면의 정당한 사유

의료급여비용 지급에 관한 원천징수 과소신고 부분에 대해 가산세 감면의 정당한 사유 인정

• 소액 부징수 관련 법규 해석상 견해 대립의 여지가 있었음.
• 피고의 과거 질의회신 및 장기간의 세무조사 등에서 원고의 해석과 유사한 입장을 보였음.
• 원고는 각 지방자치단체별로 예탁금을 구분하여 관리, 회계 처리해야 하는 등 실무상 혼란을 피하기 위해 지방자치단체별로 구분하여 처리할 수밖에 없었음.
• 원고가 부정한 목적으로 원천징수 과소신고를 했다고 볼 만한 자료가 없고, 가산세 규모가 큼.

라. 의사소견서 발급비용 관련

의사소견서 발급비용 관련 원천징수 과소신고 부분은 정당한 사유 인정되지 않음.