법인세 부당행위계산 부인 관련 판례 정리

본 사건은 법인이 차입금 이자율을 경제적 합리성이 없는 것으로 보아 부당행위계산 부인을 적용하여 이자비용을 손금불산입한 처분의 부당성을 다룬 소송입니다. 광주지방법원에서 2018년 11월 1일에 1심 판결이 완료되었습니다.

2. 처분 경위

🔹 가. 사업 개요

광주 제2순환도로 1구간 사업은 BTO 방식(Build-Transfer-Operate)으로 진행되었으며, 2000년 11월 30일에 준공되어 2001년 1월 1일부터 통행료가 징수되었습니다.

🔹 나. 사업 양수도

원고는 2003년 1월 15일 이 사건 사업을 양수할 목적으로 설립되었으며, 2003년 1월 30일 ○○○○와 이 사건 사업을 1,720억 원에 양수하는 계약을 체결했습니다. 광주광역시는 이를 승인하는 대신 ○○○○가 차입한 대출금 전액을 상환할 것을 조건으로 했습니다.

🔹 다. 자금 조달

원고는 이 사건 양수도대금을 마련하기 위해 자금을 대출받았습니다. 2004년 10월 24일에는 △△△와 선순위 차입금 약정을 체결하여 1,420억 원을 연 10% 고정금리로 차입하고, 국민은행에 대한 선순위 차입금을 전액 상환했습니다.

🔹 라. 세무 조사 및 처분

감사원은 민간투자사업자들의 차입금 이자율 적정 여부를 조사할 것을 국세청에 요구했습니다. 이에 피고는 원고의 차입금 이자율 적정성을 조사한 결과, 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로 판단하고, 당좌대출이자율 8.5%를 시가로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 2005년부터 2009년까지의 이자비용을 손금불산입했습니다. 또한, 원고가 지급을 연체한 연체이자에 대해서도 손금 부인을 했습니다.

🔹 마. 조세심판원 심판 및 재조사

원고는 조세심판원에 심판청구를 했고, 조세심판원은 당좌대출이자율을 시가로 적용하는 것은 부당하다고 판단하여 이자율 적정 여부를 재조사하도록 결정했습니다. 피고는 재조사 후 선순위 차입금의 시가를 연 9.92%, 후순위 차입금 및 운영자금 차입금의 시가를 연 12.64%로 결정했습니다. 원고는 이에 따라 손금 불산입된 이자비용 및 연체이자의 손금 산입을 요구하는 경정청구를 했으나, 피고는 이를 기각했습니다.

3. 원고의 주장

🔹 가. 이자율의 경제적 합리성

원고는 각 차입금에 대한 이자율이 경제적 합리성을 결여하지 않았으므로, 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 아니라고 주장했습니다.

🔹 나. 연체이자의 손금 산입

원고는 각 차입금에 대한 연체이자는 광주광역시의 보조금 지급 지연으로 인해 불가피하게 발생한 것이므로, 전액 손금에 산입해야 한다고 주장했습니다.