법인 조사권 남용 및 절차상·내용상 하자 관련 판례 분석

🔹 중복 세무조사 주장에 대한 판단

법원은 1, 2차 해명자료 제출 요청은 법인세 신고 내용의 정확성 검증을 위한 것으로 세무조사에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 자료 제출 요청의 범위, 규모, 기간 등을 고려할 때 자료가 특정되어 있어 원고가 손쉽게 응답할 수 있었고, 피고가 자료 제출 요청을 넘어 원고나 관련자들을 직접 접촉하여 질문하거나 폭넓은 검사·조사를 하지 않았다는 점을 근거로 제시했습니다.

🔹 세무조사 대상자 선정 위법 주장에 대한 판단

법원은 피고가 원고가 제출한 법인세 신고 서류 등 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의해 원고의 신고 내용에 탈루나 오류가 있다고 보아 비정기 조사 대상자로 선정했으므로, 세무조사 대상자 선정이 위법하다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 지방국세청장의 퇴직급여 과다계상 혐의 법인에 대한 탈루 혐의 분석 및 비정기 조사대상자 선정 통지, 원고의 자료를 바탕으로 한 피고의 검토 결과 등을 근거로 제시했습니다.

🔹 사전 통지 흠결 주장에 대한 판단

법원은 세무조사 사전 통지를 하지 않은 사실은 인정되나, 원고 대표이사에 대한 퇴직금이 과다하다는 지방국세청의 세무조사 관리 지침에 따라 세무조사가 개시되었고, 법인세 신고 내역과 세금계산서 매입 내역의 차이 금액이 적지 않음에도 구체적 자료가 확보되지 않은 사정에 비추어 볼 때 사전 통지 시 증거 인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다고 판단했습니다.

🔹 손금산입 주장에 대한 판단

법원은 원고가 CCCC티앤씨에 투자한 금액을 회수하고 감액하는 내용의 약정서를 작성한 후 투자금을 유가증권처분손실로 처리했으나, 원고가 CCCC티앤씨에 송금한 금액이 당일 바로 대표이사 계좌로 송금된 점 등을 고려할 때 위 약정서와 장부 기재는 대표이사가 투자금 명목으로 원고의 돈을 유용한 것을 가장하기 위한 것으로 보인다고 판단했습니다.