청구법인이 법령개정으로 중소기업에서 제외되어 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부 등  [인천지방법원 2016. 6. 23. 2015구합51051]

🔹 1.1. 사건 정보

• 사건번호: 인천지방법원 2015-구합-51051
• 귀속년도: 2012년
• 심급: 1심
• 판결일자: 2016년 6월 23일
• 원고: 세OOO 주식회사
• 피고: OO세무서장

🔹 1.2. 주요 쟁점

본 사건의 핵심 쟁점은 법령 개정으로 중소기업에서 제외된 법인이 중소기업 유예기간을 적용받아 세법상 혜택을 유지할 수 있는지 여부입니다. 특히, 관계회사 기준 변경에 따른 유예기간 적용 배제 여부가 중요한 판단 근거가 되었습니다.

2. 처분 경위

🔹 2.1. 중소기업 유예기간 적용

원고는 2009 사업연도에 매출액 1,000억 원을 초과하여 중소기업에서 제외되었지만, 구 조세특례제한법 시행령에 따라 2010, 2011, 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받았습니다.

🔹 2.2. 법령 개정

중소기업기본법 시행령 및 조세특례제한법 시행령의 개정으로 중소기업의 판단 기준이 변경되었습니다. 특히, 관계회사에 속하는 기업의 경우, 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 등이 중소기업 기준을 초과하면 중소기업으로 인정하지 않는 규정이 신설되었습니다.

🔹 2.3. 관계회사 해당 및 법인세 신고

원고는 □□홀딩스 주식회사와 관계회사에 해당하며, 원고와 □□홀딩스의 2012 사업연도 매출액 합계는 1,000억 원을 초과했습니다. 원고는 2012 사업연도에 결손이 발생하여 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청했습니다.

🔹 2.4. 부과처분 및 전심절차

피고는 개정된 조세특례제한법 시행령에 따라 원고가 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다고 판단하여 법인세 부과 처분을 했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구했지만 기각되었습니다.

3. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 부과 처분의 위법성을 주장했습니다.

🔹 3.1. 개정 법령 적용 시점 문제

원고는 관계회사에 대한 중소기업 제외 기준은 2012년 1월 1일부터 적용되므로, 2012 사업연도에 중소기업 유예기간을 적용받아야 한다고 주장했습니다.

🔹 3.2. □□홀딩스의 실질적 활동 여부

□□홀딩스가 2011년 12월 31일 기준으로 실질적인 사업 활동을 하지 않았으므로, 관계회사로 볼 수 없다고 주장했습니다.

🔹 3.3. 신뢰보호 원칙 위반 주장

사후적인 법령 개정으로 유예기간 적용이 배제되는 것은 신뢰보호 및 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장했습니다.

🔹 3.4. 유예기간의 적용

개정 조세특례제한법 시행령에 따라 원고는 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 날부터 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보아야 한다고 주장했습니다.