법인 신주고가인수를 통한 특수관계자 이익 분여 관련 판례 정리

이 사건 신주고가인수 행위는 '주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우'에 준하는 행위로 판단되어 부당행위계산 부인 대상에 해당합니다. 따라서, 주식의 취득가액을 산정할 때 시가초과액은 제외되어야 합니다.

상세 내용

🔹 1. 사건의 배경

원고는 1989년 광업 및 골재 제조업을 목적으로 설립된 법인입니다. 2007년경 원고의 발행주식은 qqq가 53.1%, WWW이 46.9%를 각각 보유하고 있었습니다. AAAA 주식회사는 골재채취 및 판매업 등을 목적으로 설립되었으며, qqq와 WWW의 자녀인 BBB과 CCC이 각각 50%의 주식을 보유하고 있었습니다.

🔹 2. 주식 인수 및 양도 과정

AAAA 주식회사는 2007년 4월 3일 이사회를 통해 신주 89,500주를 발행하고, 원고는 2007년 4월 5일 이 신주를 895,000,000원에 인수했습니다. 이후 원고는 2010년 8월 5일 BBB과 CCC에게 각각 이 사건 주식의 1/2에 해당하는 주식을 134,250,000원에 양도했습니다. 원고는 이 거래로 발생한 차액인 626,500,000원을 손금산입하여 2010년 사업연도 법인세를 신고·납부했습니다.

🔹 3. 과세 당국의 처분

EEEE국세청장은 2016년 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 이 사건 주식 거래가 특수관계자에게 이익을 분여하기 위한 것이라고 판단하여 이 사건 차액을 손금에 불산입하도록 피고에게 통보했습니다. 이에 따라 피고는 2016년 3월 28일 원고에게 2010년 사업연도 법인세 201,274,350원을 부과하는 처분을 내렸습니다. 원고는 이 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각되었습니다.

🔹 4. 원고의 주장

원고는 이 사건 처분 중 192,767,660원(가산세 포함) 부분이 위법하다고 주장하며, 다음과 같은 두 가지 주요 주장을 펼쳤습니다.

1. 피고가 이익 분여액을 초과하여 손금 불산입했다는 점
2. 이 사건 처분이 부과 제척 기간을 경과하여 이루어졌다는 점

가. 부당행위계산 부인 해당 여부

법원은 원고의 신주 고가 인수가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목에 준하는 행위로서, 같은 항 제9호의 부당행위에 해당한다고 판단했습니다. 이에 따라, 원고의 주식 취득가액을 산정할 때 시가초과액은 제외되어야 하며, 이 사건 주식의 취득가액은 0원이 됩니다.

나. 원고의 주장에 대한 반박

법원은 원고의 첫 번째 주장에 대해, 부당행위계산 부인 규정과 자산 취득가액 결정 규정은 각각 다른 목적을 가지고 있으므로, 부당행위 해당 여부와 관계없이 자산 취득가액 규정이 적용되어야 한다고 판시했습니다. 또한, 두 번째 주장에 대해서는, 주식 처분일이 속하는 2010년 사업연도 법인세 부과 제척 기간이 경과하지 않았다고 판단했습니다.