부가 피고가 공익서비스비용을 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액을 안분계산 한 것은 적법함

🔹 1.1. 원고의 사업 및 공익서비스 제공

원고는 고속철도 여객운송, 화물운송, 임대사업 등 과세 대상 사업과 일반철도, 광역철도 여객운송 사업 등 면세 대상 사업을 영위하고 있습니다. 원고는 철도산업발전기본법에 따라 2009년 및 2010년에 공익서비스비용 보상계약을 체결했습니다.

🔹 1.2. 공익서비스의 종류

원고는 다음과 같은 세 가지 종류의 공익 서비스를 제공했습니다.

1. 노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면 (운임감면)
2. 철도이용수요가 적은 벽지노선 운영 (벽지노선 운영)
3. 국가의 특수목적 수행을 위한 특별동차 운영 (특별동차 운영)

🔹 1.3. 공익서비스 비용 보상 및 부가가치세 신고

원고는 국토교통부장관으로부터 2009년 공익서비스 제공비용 보상액을 지급받았습니다. 원고는 2009년 및 2010년 부가가치세 신고 시, 공통매입세액을 안분 계산하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하고, 이를 매출세액에서 공제하지 않았습니다.

🔹 1.4. 과세 처분 및 불복

지방국세청은 이 사건 공익서비스비용을 비과세대상으로 보고, 관련 매입세액도 공제하지 않아야 한다고 판단하여 과세자료를 통보했습니다. 피고들은 이에 따라 원고에게 부가가치세를 부과했고, 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각되었습니다.

2. 원고의 주장

🔹 2.1. 공익서비스보상액의 공급가액 해당 여부

원고는 공익서비스보상액이 ‘재화 또는 용역 제공에 대한 대가’가 아니므로 공급가액에 해당하지 않는다고 주장했습니다. 또한, 관련 국고보조금은 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장했습니다.

🔹 2.2. 비과세사업 해당 여부

원고는 공익서비스보상액이 공통매입세액 안분계산에 반영되기 위해서는 비과세사업에서 발생한 수입이어야 하는데, 기존 사업의 영업손실 보전일 뿐이라고 주장했습니다.

🔹 2.3. 특별동차 운영 관련 매입세액 불공제 문제

특별동차 운영 비용 중 인건비 등 매입세액이 발생하지 않는 비용이 많고, 다른 공통비용은 특별동차 운영에 사용되지 않았으므로, 특별동차 운영에 대한 보상액을 공통매입세액 안분계산에 반영하는 것은 이중으로 매입세액이 불공제되는 결과를 초래한다고 주장했습니다.

3. 관계 법령 및 판단

🔹 3.1. 관련 법리

부가가치세법은 매출세액에서 매입세액을 공제하는 방식으로 계산하며, 매입세액은 과세사업에 사용된 경우에만 공제됩니다. 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 공통매입세액은 안분 계산해야 합니다. 판례는 비과세사업과 과세사업을 겸영하는 경우에도 공통매입세액 안분계산을 유추 적용할 수 있다고 판시했습니다.

🔹 3.2. 비과세사업 해당 여부 판단

법원은 원고가 제공하는 공익서비스가 철도산업발전기본법에 따른 공익서비스에 해당하며, 비과세사업으로 볼 수 있다고 판단했습니다. 원고가 운임감면, 벽지노선 운영, 특별동차 운영을 수행하는 것은 비과세사업을 영위하는 것으로 볼 수 있다고 보았습니다.

🔹 3.3. 개별 항목에 대한 판단

법원은 각 항목별로 공통매입세액 안분계산의 적법성을 판단했습니다.

• 운임감면 관련 보상액: 운임감면 대상자의 이용량에 비례하여 보상액이 증가하므로, 공급에 대한 대가로 볼 수 있다고 판단했습니다.
• 벽지노선 운영 관련 보상액: 벽지노선 운영에 투입되는 비용에 비례하여 보상액이 결정되므로, 공급에 대한 대가로 볼 수 있다고 판단했습니다.
• 특별동차 운영 관련 보상액: 특별동차 운영에 투입되는 공통매입세액을 고려하여, 공급에 대한 대가로 볼 수 있다고 판단했습니다.