법인 차세대 시스템 구축 위탁비용의 연구인력개발비 세액공제 대상 여부

법인의 차세대 시스템 구축 위탁비용이 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 '과학기술활동'에 해당하여 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부

법원 판단 (요지)

이 사건 전산시스템의 위탁 개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술활동’에 해당하지 아니한다.

판결 내용 상세

🔹 1. 제1심 판결 인용 및 추가

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않으며, 제출된 증거와 소송자료를 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.

🔹 2. 보충 판단

가. 핵심 쟁점

구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호에서는 '새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 "자체" 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구·인력개발비에 해당한다'고 규정하고 있으므로, 서비스 활동의 "위탁" 연구개발비는 세액공제의 적용대상이 아니다. 따라서

이 사건 전산시스템의 위탁 개발이 과학기술 활동에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 비용에 대해 세액공제를 적용받을 수 있다.

나. 관련 법리

구 조세특례제한법 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항, [별표 6] 제1호와 구 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항 제1호 등을 고려하면,

구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ‘연구개발’의 의미는 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한법률 시행령 제2조 제5호에서 정한 ‘연구개발활동’의 의미와 연계하여 이해할 필요가 있다.

2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 연구개발에 관한 정의규정인 제9조 제5항을 신설하였는데, 당시 개정이유는 연구개발의 정의 및 세액공제의 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발조사를 위한 표준지침인 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)의 연구개발 개념에 맞게 정비하기 위한 것이었고, 프라스카티 매뉴얼에서 정한 연구개발의 정의가 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호의 내용과 매우 유사한 점도 이를 뒷받침한다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란

‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계·제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미한다고 보아야 한다.

연구개발, 그중 과학기술 활동에 해당하기 위해서는 그것이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다.

결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁 연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다.

다. 구체적 판단

이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것이고, 그 목표와 결과, 위탁 비용 등을 고려할 때 이 사건 전산시스템의 위탁 개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술활동’에 해당하지 아니한다.

설령 이 사건 전산시스템의 위탁 개발로 인하여 기존에 수립된 C㈜의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 C㈜가 영위하는 금융투자서비스 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스 활동의 위탁 연구개발비는 세액공제의 적용대상이 아니다.