과세예고통지가 지연되어 과세전적부심사의 기회가 제한된 경우 절차적 하자 유무

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 제1심판결문 제2면 밑에서 1행 “2017. 9. 30.”을 “2017. 10. 10.”1)로 고치는 것 외에는 제1심판결의 이유 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 절차적 하자에 관한 판단

가. 원고의 주장

피고는 정당한 사유 없이 이 사건 법인세의 부과제척기간 만료일인 2022. 10. 10.로부터 3개월 이하인 2022. 8. 8.이 되어서야 과세예고통지를 한 다음 원고의 과세전적부심사 청구에 대하여는 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당한다는 사유로 과세전적부심사의 기회를 제공하지 않고 이 사건 당초 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 원고의 절차적 권리를 침해하여 위법하다.

나. 관련 규정과 법리

1) 국세기본법 제81조의15 제1항 본문은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다.”라고 규정하면서, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호 본문) 등을 과세예고통지를 하여야 할 사유로 들고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 그 제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.”라고 하면서, ‘국세징수법 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’(제1호), ‘｢조세범 처벌법｣위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’(제2호 본문), ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호), ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’(제4호)를 들고 있다.

2) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사․심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법․부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다. 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

3) 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간의 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 참조).

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거에 을 제4, 6, 7호증의 각 기재, 제1심법원의 bb세무서장에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있다.

1) 원고는 2017. 10. 10. 이 사건 토지의 매매에서 발생한 소득을 해당 사업연도의 과세표준 및 세액 계산에 반영하여 이 사건 법인세 신고를 마쳤다.

2) 이 사건 법인세 신고에 따른 과세자료는 2020년 6월 초에 이르러서야 국세청 내부 전산망에 생성되었다.

3) 당시 원고의 납세지를 관할하던 bb세무서장은 위와 같이 생성된 과세자료를 사전검토한 후 2021. 4. 29. 원고에게 법인세 해명자료 제출 안내(을 제6호증의 1면)를 발송하였다(이하 ‘1차 해명요구’라고 한다). 위 안내문의 ｢과세자료 발생 경위｣란에는 “법인 비사업용 토지 양도소득에 대한 적정신고 자료(이 사건 토지)”, ｢과세자료 내용｣중 귀속연도란에는 “201612“, ｢제출할 해명자료｣란에는 ”위 비사업용 토지의 양도에 대하여 양도차익이 적정하게 신고되었는지 확인할 수 있는 자료, 취득 시부터 양도 시까지 법인세 신고가 적정하게 이루어졌는지 확인할 수 있는 자료“라고 기재되어 있고, 제출기한은 2021. 5. 14.까지로 지정되었다.

4) 원고는 2021. 6. 10.경 본점·주사무소를 변경하였고, 이에 따라 원고의 납세지 관할이 피고로 변경되었다. 이에 따라 피고는 bb세무서장으로부터 과세자료를 수보하였다.

5) 피고는 2021. 7. 28. 다시 원고에게 법인세 해명자료 제출 안내(을 제6호증의 2면)를 발송하였다(이하 ‘2차 해명요구’라고 한다). 위 안내문의 ｢과세자료 발생 경위｣란에는 “이 자료는 국세청이 보유한 자료와 귀하의 법인세 신고 내용이 달라 발생한 자료입니다”, ｢과세자료 +내용｣중 귀속연도란에는 “2016, 2017“, ｢제출할 해명자료｣란에는 ”2016, 2017 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고 적정 여부“라고 기재되어 있고, 제출기한은 2021. 8. 9.까지로 지정되었다.

6) 피고는 2022. 6. 22. 또다시 원고에게 법인세 해명자료 제출 안내(을 제6호증의 3면)를 발송하였다(이하 ‘3차 해명요구’라고 하고, 위 1, 2, 3차 해명요구를 통틀어 ‘이 사건 각 해명요구’라고 한다). 위 안내문의 ｢과세자료 발생 경위｣란에는 “이 자료는 국세청이 보유한 자료와 귀하의 종합소득세 신고 내용이 달라 발생한 자료입니다”, ｢과세자료 내용｣중 귀속연도란에는 “201706“, ｢제출할 해명자료｣란에는 ”취득가액 및 필요경비 관련 적격증빙 자료“라고 기재되어 있고, 제출기한은 2022. 7. 8.까지로 지정되었다.

7) 피고는 2022. 8. 8. 원고에게 과세예고통지를 하였다.

8) 원고는 위 과세예고통지를 받고 2022. 8. 25. 피고를 상대로 과세전적부심사를 청구하였다. 그러나 피고는 2022. 9. 20. 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 규정된 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당한다는 이유로 이를 심사하지 아니한다는 결정(이른바 ‘심사제외 결정’)과 함께 이 사건 당초 처분을 하였다(앞서 본 바와 같이 이 사건 당초 처분은 이후 피고의 감액 경정을 거쳐 이 사건 처분이 되었으므로 이하 양자를 구별하지 않고 ‘이 사건 처분’이라고만 지칭한다).

라. 판단

이 사건 법인세 부과제척기간의 만료일은 2022. 10. 10.인데[구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호 및 제9항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호 참조], 위에서 본 바와 같이 피고는 국세부과 제척기간의 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하라는 점을 들어 원고의 과세전적부심사 청구에 대하여 심사제외 결정을 하였다. 그러나 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고는 내부 사정, 검토 지연 등에 따라 과세행정을 장기간 해태한 것으로 보일 뿐이고, 피고가 제출한 증거들만으로는 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없었던 정당한 사유가 있다고 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

그렇다면 이 사건 처분에는 원고에게 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있다고 볼 수 있다.

1) 법인이 법인세를 신고한 경우 과세관청은 그 신고서류를 검토한 다음 소득금액 또는 세액계산의 오류·탈루혐의가 있어 별도의 해명자료를 받을 필요가 있는 경우에는 원칙적으로 해명자료 제출을 요구하고, 납세자가 제출한 해명자료를 분석한 결과 소득금액이나 세액의 오류 또는 탈루가 있는 경우 그 검토결과를 안내하여 수정신고를 하도록 유도하며, 해명요구에 대하여 납세자가 해명자료를 제출하지 아니하거나 제출된 해명자료가 불성실하여 간접확인에 의해 서면분석을 종결할 수 없는 경우에는 현장확인을 실시할 수 있고, 현장확인 결과 또는 해명요구 결과 실지조사를 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 경우에는 세무조사 대상으로 선정될 수 있도록 조사국 등에 통보하여야 하며, 납세자가 정당한 사유 없이 법인세 과세표준 및 세액을 수정하여 신고 납부하지 아니한 경우에는 과세예고통지서를 발송하고, 과세전적부심사 청구기한 종료 후 법인세 과세표준 및 세액을 경정 결정하는 것이 과세행정의 일반적인 절차로 보인다(국세청 훈령인 법인세 사무처리규정 제95조 내지 제105조 등 참조).

2) 원고는 2017. 10. 10. 이 사건 법인세를 신고하였는데, 원고의 법인세 신고에 따른 과세자료가 2020년 6월 초에 이르러서야 비로소 국세청 내부 전산망에 생성되었다. 이러한 이유로 이 사건 법인세 신고 이후 약 2년 9개월가량 과세자료에 대한 사전 검토 등 과세행정이 진행되지 아니한 것으로 보인다. 한편, 국세청 내부 전산망에 과세자료가 생성되지 아니한 것이 피고의 귀책사유로 인한 것이 아님을 인정할 만한 자료는 제출되지 아니하였다.

3) bb세무서장은 2020년 6월 초에 이르러 이 사건 법인세 신고에 따른 과세자료를 검토하였고, 이에 따라 원고에게 별도의 해명자료를 받을 필요가 있다고 판단하여 1차 해명요구를 하였다. 또한 앞서 본 바와 같이 원고의 본점·주사무소 변경으로 납세지 관할이 변경됨에 따라 과세자료를 수보한 피고 역시 2021. 7. 28. 원고에게 1차 해명요구와 사실상 거의 동일한 내용의 2차 해명요구를 하였다. 원고는 위와 같은 1차 또는 2차 해명요구를 받을 무렵 bb세무서장 또는 피고에게 해명자료(을 제7호증)2)를 제출하였다. 한편, 1, 2차 해명요구 당시 원고에게 발송한 법인세 해명자료 제출 안내에는 동일하게 ”해명자료는 제출일로부터 2개월 내에 그 검토결과를 알려드리며(단, 기한연장 통지를 한 경우 그 기한연장일), 제출기한까지 회신이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 세금이 부과될 수 있습니다.“라고 기재되어 있었다.

그러나 bb세무서장 또는 피고는 원고에게 1, 2차 해명자료에 대한 검토결과를 알리지 아니하였고, 나아가 해명자료가 불성실하다는 이유로 실지조사(현장확인) 또는 세무조사를 검토한 바도 없었던 것으로 보인다.

4) 피고는 2차 해명요구에 대하여 어떠한 추가 조치 없이 약 11개월 만에 또다시 3차 해명요구를 하였고, 3차 해명요구에서 정한 제출기한에 맞추어 원고는 종전과 동일한 해명자료를 다시 제출하였다. 이에 대하여도 피고는 해명자료 검토결과를 알리지 아니한 채 3차 해명요구에서 정한 제출기한이 1개월가량 경과한 2022. 8. 8. 원고에 대하여 과세예고통지를 하였는데, 이는 부과제척기간의 만료일(2022. 10. 10.)이 임박했기 때문으로 보인다.

5) 이 사건 처분은 원고가 당초 신고한 내용과 원고가 1, 2차 해명요구에 따라 제출한 해명자료만을 토대로 이루어진 것으로 보이고, 앞서 본 이 사건 각 해명요구의 경위와 그 내용 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 각 해명요구를 반복하면서 과세표준이나 세액 등에 대한 세밀한 조사나 검토를 진행한 것으로 보이지 않는다. 이에 대하여 피고는 담당공무원이 이 사건 각 해명요구 외에도 수시로 전화를 걸어 원고가 기존에 제출한 해명자료 외에 추가 자료를 요청하였거나 스스로 사실관계를 조사하였다고도 주장하나, 이를 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없으므로 피고의 위 주장은 이유 없다(이 사건 각 해명요구 중 ｢제출할 해명자료｣란 각 기재 부분이 모두 일반적·포괄적인 내용이고 사실상 동일한 취지를 반복하고 있는 점, 원고 역시 동일한 해명자료를 반복 제출하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 설령 피고의 담당공무원이 원고에게 전화를 걸었다 하더라도 이는 단순 자료제출 요구에 불과하였을 뿐, 앞서 제출한 해명자료에서 부족한 내용을 구체적으로 지적하며 이를 보강할 것을 요구하는 절차는 아니었던 것으로 보인다). 또한 피고는 이 사건 법인세 신고에 따라 검토할 과세자료가 방대하여 수차례 이 사건 각 해명요구를 하여야 하는 등 그 조사에 상당한 시간과 노력이 소요되는 것이 불가피하였다고도 주장하나, 원고가 제출한 해명자료의 분량(피고가 원고의 해명자료라고 제출한 을 제7호증은 총 36면 정도이다)이 그 분량이 방대하다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

오히려 2차 해명요구는 1차 해명요구 이후 관할 세무서장이 변경됨에 따라 사실상 종전 해명요구를 그대로 반복한 것에 불과하다고 보인다. 또한, 피고가 스스로 인정하는 바와 같이 원고는 6월말 결산법인으로서 이 사건 법인세 신고와 관련된 사업연도가 2016. 7. 1.부터 2017. 6. 30.까지인데도(원고가 해명자료로 제출한 계정별원장에도 사업연도가 2016. 7. 1.부터 2017. 6. 30.까지로 기재되어 있었다) bb세무서장 또는 피고는 원고를 12월말 결산법인으로 오인하여 이 사건 법인세 신고를 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지 및 2017. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지의 2개 사업연도와 관련된 것으로 보았고, 이에 따라 1, 2차 해명요구 당시에는 이 사건 토지 중 원동 780-2 토지의 양도(양도시점 2016. 9. 28.)에 대하여는 2016 사업연도 귀속 법인세, 원동 780-4 토지의 양도(양도시점 2017. 2. 17.)에 관하여는 2017 사업연도 귀속 법인세와 관련된 것으로 보았다가(이에 따라 1차 해명요구의 ｢과세자료 내용｣중 귀속연도란에 ”201612“, 2차 해명요구의 ｢과세자료 내용｣중 귀속연도란에 ”2016, 2017“이라고 기재된 것으로 보인다), 2차 해명요구 이후 그 오류를 발견함으로써 이를 시정할 필요에서 재차 3차 해명요구를 하였던 것으로 보일 뿐이다(3차 해명요구에 이르러 ｢과세자료 내용｣중 귀속연도란에 ”201706“이라고 기재되었다).

6) 앞서 본 바와 같이 과세자료의 전산자료 미생성 등 과세관청의 내부 사정 등에 의하여 과세행정이 2년 9개월가량 지체된 상태에서 뒤늦게 원고에게 1, 2차 해명요구를 하여 이에 따라 해명자료를 제출받았다면 피고로서는 늦어도 2차 해명요구에서 정한 제출기한인 2021. 8. 9.이 경과할 무렵에는 이 사건 법인세 신고 내용과 원고가 제출한 해명자료를 토대로 그 요건을 검토하여 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사의 기회를 보장하였어야 할 것임에도, 다시 피고는 1, 2차 해명요구와 사실상 거의 동일한 내용의 3차 해명요구를 하던 중 부과제척기간의 만료일이 임박함에 따라 과세예고통지를 하게 되었다. 이러한 과세행정의 진행경과 및 그 내용 등에 비추어 보면 피고가 그 요건의 검토와 처리를 장기간 방치하거나 처분절차를 지연함으로써 원고가 과세전적부심사를 받을 기회를 가질 수 없게 되었다고 봄이 타당하다.

마. 소결론

그렇다면 이 사건 처분은 위와 같은 절차적 하자로 인하여 위법하므로 취소되어야 한다(원고의 위 주장을 받아들여 이 사건 처분을 취소하는 이상 원고의 나머지 주장에 대하여는 나아가 판단하지 아니한다).