부가가치세 면세 대상인 지 여부

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 3. 19. 원고에 대하여 한 2013년 제2기분 부가가치세 541,950,506원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않은바, 원고가 당심에서 추가한 주장들과 추가로 제출한 증거들까지 종합하여 보더라도 원고에 대한 피고의 2013년 제2기분 부가가치세 541,950,506원의 경정거부처분이 적법하다고 한 제1심법원의 판단은 정당하다고 인정된다. 이에 이 법원이 설시할 이유는 아래와 같이 그 일부를 추가하거나 고쳐 쓰고, 제2항에서 원고가 이 법원에서 추가한 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는, 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지와 약어를 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제6면 제6행의 “위탁협약 제3조은“ 부분을 ”위탁협약 제3조는“으로 고쳐쓴다.

○ 제1심판결 제9면 제2행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『이에 대하여 원고는, 원고와 CCC 사이의 위탁협약은 일종의 준위탁매매계약으로서, 원고는 준위탁매매인의 지위에서 CCC로부터 사업비를 지급받아 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비를 CCC를 대신하여 그 지출을 대행한 것에 불과하고, 집단에너지 공급사업은 CCC의 계산으로 진행되었다는 취지로 주장한다. 준 위탁매매는 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 매매 아닌 행위를 영업으로 하고 보수를 받는 것으로서(상법 제113조) 명의와 계산의 분리를 본질로 하는바, 준위탁매매에서 준위탁매매인이 준위탁매매로 인하여 취득한 물건, 유가증권 또는 채권은 위탁자와 준위탁매매인 사이의 관계에서는 이를 위탁자의 채권으로 보고(상법 제103조, 제113조), 어떠한 계약이 일반의 매매계약인지 준위탁매매계약인지는 계약의 명칭 또는 형식적인 문언을 떠나 그 실질을 중시하여 판단하여야 한다(대법원 2011. 7. 14. 선고 2011다31645 판결 참조).

그런데 앞서 본 위탁협약 규정의 문언 내용, 원고가 이 사건 용역을 실제 수행한 업무의 내용이나 형태, CCC의 위탁업무에 대한 경영실적평가, 업무의 지도와 감독, 업무상 필요한 명령 등의 권한 및 원고가 CCC와 사이에 이 사건 용역 수행으로 취득하게 되는 채권의 귀속 및 이에 관한 원고의 이행담보책임에 관하여 위탁협약에 아무런 규정을 두지 않았을 뿐만 아니라 그에 관하여 특별한 논의도 하지 않은 것으로 보이는 사정까지 감안하여 보면, 원고가 준위탁매매인의 지위에서 원고의 명의를 사용하여 CCC의 계산으로 이 사건 용역을 수행하면서 사업비를 CCC를 대신하여 그 지출을 대행한 것에 불과하다고 보기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』

2. 원고가 이 법원에서 추가한 주장에 관한 판단

가. 주장의 요지

피고가 2003. 6. 9. 원고에 대하여 한 부가가치세 환급 결정은 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상이라는 취지의 공적인 견해표명에 해당하고, 피고는 위 환급 결정 이후에도 약 10년 동안 원고가 이 사건 용역을 부가가치세 면제 대상으로 신고한 데 대하여 아무런 이의나 시정지시 없이 위 신고를 받아들였으므로, 원고가 위와 같은 공적인 견해표명을 신뢰한 데에 귀책사유가 있다고 보기 어려우며, 이 사건 용역에 대한 부가가치세 비과세 관행도 성립되었다고 보아야 한다.

따라서 이 사건 용역이 부가가치세 부과 대상에 해당한다는 이유로 원고의 부가가치세 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 신의성실 원칙 내지 비과세 관행을 위반하여 위법하다.

나. 관련 법리

1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책 사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

2) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 비과세 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하고, 위와 같은 공적인 견해 또는 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요하는데, 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당 기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결, 대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 등 참조).

3) 과세관청이 사업자의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 행위만으로는 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을 뿐 아니라 과세관청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 납세자가 자신이 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다고 하더라도 납세자가 그와 같이 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없었다고 할 수 없고(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 참조), 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 세무서장이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 참조).

4) 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세 결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 결정할 수 있다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결 참조).

5) 한편, 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 참조).

다. 인정 사실

갑 제2호증의 2, 갑 제24 내지 27호증, 을 제11, 12, 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 원고는 피고에게, 2002. 1. 4. 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제111조1)에 따라 면세사업자로 사업자등록신청을 하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다가, 2002. 4. 18. 과세사업을 영위한다는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하여 같은 날 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았다.

2) 원고는 원고의 사업단이 부가가치세가 면제되는 공익 목적 단체에 해당한다는 CCC의 지도․점검 결과에 따라 2003. 1. 14. 피고에게 2002년 제1, 2기 부가가치세에 대해 경정청구를 하였으나, 피고는 검토 결과 면세 요건에 해당하지 않는다는 이유로 2003. 1. 24. 위 경정청구를 거부하고, 2003. 5. 9. 원고의 이의신청을 기각하였다.

3) 원고는 2003. 5. 21. 위 경정청구 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하는 한편, 2003. 5. 29. 피고에게 직권 취소를 요청하였는데, 피고는 2003. 6. 9. 위 요청을 받아들여 2002년 제1, 2기 부가가치세의 환급 결정을 하였다. 원고는 위 환급 결정이 있기 전인 2003. 5. 30. 피고로부터 환급 결정에 대하여 유선 통지를 받고 2003. 6. 5. 위 심판청구를 취하하였다.

4) 원고는 2003. 6. 12. 과세사업자에서 면세사업자로 변경하여 달라는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하여 같은 날 ‘업종 변경’이 교부 사유로 기재된 면세사업자 용 사업자등록증을 발급받았다.

5) 국세청장은 2003. 5. 7. 재정경제부장관에게 1998년도분과 1999년도분 부가가치세 부과와 관련하여 ‘지방공사의 지방자치단체 대행사업 면세 여부’에 대해 질의하였는데, 재정경제부장관은 2004. 3. 15. “원고는 부가가치세법 제12조 제1항 제16호2) 및 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1호3)에서 규정하는 ‘주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하지 아니한다.”라고 회신한 바도 있다.

라. 구체적 판단

위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분이 신의성실 원칙 내지 비과세 관행에 반하는 위법한 처분이라 할 수 없다.

1) 원고는 택지의 개발과 공급, 주택의 건설․개량․공급 및 관리 등을 목적으로 설립된 지방공사인데, 원고가 CCC로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무는 위와 같은 설립 목적과는 관련이 없는 것이었을 뿐 아니라 그 업무수행의 대가로 위탁수수료를 지급받아 수익사업에 해당한다고 할 것이므로, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호4), 구 부가가치세법 시행규칙(2001. 4. 3. 재정경제부령 제193호로 개정된 후 2013.6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의5 제1항5)이 부가가치세 면제 대상으로 규정한 ‘비영리법인의 사업으로서 공익을 목적으로 하는 사업’에 해당한다고 보기 어려울 뿐 아니라 ‘그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급한 것’이라고 보기도 어렵다. 그런데도 피고는 원고의 이 사건 용역이 ‘공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역’에 해당한다고 보아 2003. 6. 9. 원고에 대하여 부가가치세를 환급하는 결정을 하였는바(갑 제24호증), 위와 같은 피고의 환급 결정은 이 사건 용역이 ‘비영리법인으로서 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역’에 해당하여 부가가치세 면제 대상이라고 잘못 판단한 데에서 기인한 것으로 보이고, 이와 달리 피고가 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사로서 공적인 견해표명을 하였다고 보기는 어렵다.

2) 한편, 피고가 원고의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부하고, 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상임을 전제로 상당한 기간 동안 원고의 부가가치세 신고를 그대로 받아들였던 사실이 있기는 하나, 앞서 본 법리에 따르면 그러한 사정들만으로는 피고가 원고에게 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상임을 시사하는 언동이나 공적인 견해표명을 한 것이라고 할 수 없다.

3) 설령 원고가 피고의 2003. 6. 9. 자 부가가치세 환급 결정으로 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 믿었다고 하더라도, 재정경제부장관이 피고의 2003. 6. 9. 자 부가가치세 환급 결정 이후인 2004. 3. 15.에 이르러 1998년도분과 1999년도분 부가가치세 부과에 관한 2003. 5. 7. 자 국세청장의 질의와 관련하여 ‘원고는 재화나 용역의 공급에 관하여 면제 대상을 규정하고 있는 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제16호의 “주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체”에 해당하지 아니 한다’는 취지로 회신한 바 있고(을 제12호증), 위 회신에 적용된 부가가치세 관련 조항은 부가가치세법이 2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전까지 위치만 바뀌었을 뿐 그대로 유지되었으며, 관련 시행령 및 시행규칙도 종래 시행령 제37조 제1호에서 부가가치세 면제 대상이 되는 단체를 ‘주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체’로 직접 규정하다가 2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 위 시행령이 개정되면서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체’로 규정함으로써 시행규칙에 대상 단체의 범위를 위임하고, 그 위임에 의하여 2001. 4. 3. 재정경제부령 제193호로 신설된 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항이 ‘재정경제부령이 정하는 사업’이란 ‘비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업’이라고 규정하여 그 내용에 있어 큰 변화가 없었으므로, 그 이후에 공급된 이 사건 용역과 관련한 부가가치세 부과 여부에 대한 원고의 신뢰가 귀책사유 없는 정당한 신뢰라고 할 수도 없다[을 제10, 11호증의 각 기재에 의하면, 국세청장의 재정경제부장관에 대한 질의는 원고가 2003. 3. 31. 택지개발 대행사업에 관하여 공급한 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다는 이유로 감사원에 제기한 부가가치세의 환급 조치 요청 민원이국세청장에게 이송된 것을 계기로 이루어진 것이라는 사실이 인정되기는 한다. 그러나 국세청장이 재정경제부장관에 대하여 한 질의 내용은 ‘원고와 같은 지방공사가 지방자치단체의 사업을 위탁받아 수행하면서 사업수행 시 얻은 수입금은 전액 지방자치단체에 귀속시키고, 예산 전도자금으로 일정 금액을 지급받아 운영경비로 충당하고 남은 금액을 반환하는 경우, 지방공사가 당시 시행중이던 부가가치세 관련 법령상 “공익을 목적으로 하는 단체”에 해당하는지 여부’로서, 택지개발 대행사업에 한정되지 않고 일반적인 지방자치단체 대행사업에서의 해당 지방공사의 성격에 관한 것이었으며(을 제11호증), 이에 대하여 재정경제부장관은 원고의 경우에는 당시 시행중이던 부가가치세법 관련 법령이 정한 ‘공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하지 않는다는 취지로 회신하였는바, 위와 같은 회신을 두고 원고가 택지개발사업을 수행하는 경우에 한정된 것이었다거나 원고가 이 사건 용역에서와 같이 용역 공급의 대가로 위탁수수료를 지급받는 등 수익사업을 수행하는 경우에는 적용되지 않는 것이었다고 볼 수 없다. 또한, 원고가 택지개발 대행사업이 아니라 이 사건 용역과 같은 수익사업을 하는 경우에는 더더욱 비영리법인이 사업을 수행하는 경우라고 할 수 없으므로, 이 사건 처분의 대상이 된 용역의 경우 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항에 따른 부가가치세 면제 대상으로서의 ‘비영리법인의 사업’에 해당한다고 볼 수 없다].

4) 그 밖에 원고가 주장하는 사정들만으로는 피고가 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없고, 이 사건 용역에 대한 비과세 관행이 성립되었다고 보기도 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 용역에 대하여 비과세 결정을 하였다가 이후 이 사건 용역이 부가가치세 과세대상임을 알게 되어 다시 부가가치세를 부과하고, 이에 대한 원고의 경정청구를 거부하였다고 하더라도, 이를 신의성실 원칙 내지 비과세 관행에 위반되는 처분이라 할 수 없다.