중간지금조건부 공급에 해당하지 않음

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 20XX. XX. XX. 원고에 대하여 한 20XX년 제X기분 부가가치세 X,XXX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결이유는 아래와 같이 고치거나 보충하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4쪽 1행의 “지급하였다.”를 “지급받았다.”로 고친다.

○ 제1심판결 제10쪽 10행의 ”또한 원고는“ 다음에 ”설령 이 사건 양해각서의 체결을 매매계약의 체결로 볼 수 없다고 하더라도 원고와 ㅇㅇ은“을 추가한다.

○ 제1심판결 제10쪽 12행 및 13행의 각 “이 사건 계약”을 “이 사건 매매계약”으로 고친다.

○ 제1심판결 제10쪽 14행의 “보아야 한다.”를 “보아야 하고, 이행보증금 지급일인 20XX. XX. XX.로 소급하여 이행보증금 상당의 계약금이 지급되었다고 볼 수 없다.”로 고친다.

○ 제1심판결 제11쪽 7행부터 아래에서 2행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

”가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 해당 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의나 포섭의 구체적인 범위가 명확하게 규정되어 있지 않은 경우 그 용어는 해당 법령의 전반적인 체계와 취지ㆍ목적, 해당 조항의 규정 형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석할 수밖에 없다(대법원 2026. 7. 9. 선고 2025두35035 판결 등 참조).

나) 부가가치세의 경우 단일 세율의 적용을 받기 때문에 당사자들이 정하지 않은 개개 재화나 용역의 공급가액을 과세관청이 따로 정하여야 할 필요가 없는 것과 달리, 토지와 건물이 함께 공급된 경우에는 전체 공급가액에서 부가가치세가 면세되는 토지1)와 부가가치세가 과세되는 건물의 각 가액을 따로 가려내어야 할 필요가 있다. 이때 당사자들이 계약서에 토지와 건물의 가격을 구분하여 적은 경우 위 금액이 ‘실지거래가액’으로서 부가가치세법 제29조 제9항 본문에 따라 그대로 각각의 공급가액이 되어야 하는 것이 원칙이지만, 당사자들이 가격을 별도로 정하여 거래하였다고 하더라도 토지의 공급에 부가가치세가 면세됨에 따라 토지와 건물의 각 가액을 안분할 때 과세대상 재화인 건물의 공급가액을 축소하여 정할 유인이 있을 수밖에 없다. 이러한 점을 고려하여, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 본문, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호는 토지와 건물의 가액의 상대적 비율이 적정하지 아니하다고 판단되는 경우(토지와 건물의 가액이 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호에서 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우)에는 실지거래가액이 아닌 위와 같이 안분 계산한 금액을 기준으로 하여 과세하도록 정하고 있다.

토지와 건물 등에 대한 과세기준 합리화를 위하여 2021. 12. 8. 신설된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우라도 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우’에는 부가가치세법 제29조 제9항 본문에 따라 실지거래가액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있고, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 신설된 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제1호에서는 위 ‘대통령령으로 정하는 사유’ 중 하나로 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우’를 규정하고 있다.

이러한 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제1호의 규정은, 거래 당사자들이 ‘다른 법령에서 정한 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우’에는 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 대통령령에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있다 하더라도 자산별 가액의 임의적 구분을 통한 조세회피 우려가 없다고 보아 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 본문에 대한 예외를 인정하는 것으로 보인다.

한편 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우’의 의미에 관하여 부가가치세법령에서 별도로 규정하고 있지 않으나, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서 규정에 관한 국회 기획재정위원회 전문위원 검토보고서(의안번호 2112396)는 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우’의 예시로 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 제39조 제5항의 경우를 들고 있는데, 위 조항은 토지의 양도가액은 취득가액에 이자 및 비용을 합산한 금액으로, 공장 등의 양도가액은 감정평가법인 등의 시가 감정액으로 하도록 규정함으로써, 토지와 건물의 양도가액 산정방법을 구체적으로 구분하여 규정하고 있다.

앞서 본 부가가치세법령의 전체적 체계와 입법 목적, 규정 형식과 내용, 개정 연혁과 입법 당시 염두에 둔 예시규정의 내용 및 과세요건 엄격해석에 관한 법리를 종합하여 보면, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제1호에서 정한 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우’는 단순히 토지와 건물의 가액을 구분하여 산정한 것을 의미하지 않고, 다른 법령에서 토지와 건물 등의 공급가액 산정기준 내지 방법에 관하여 개별적으로 규정함으로써 해당 법률 규정에 의하여 건물 등의 공급가액 산정이 가능한 경우를 의미한다고 봄이 타당하다. 그런데 자본시장법 제165조의4 제1항 제2호, 같은 조 제2항 및 구 자본시장법 시행령 제176조의6 제3항은 주권상장법인이 중요한 자산을 양도ㆍ양수할 경우에 투자자 보호와 건전한 거래질서를 위하여 자산의 양도ㆍ양수가액의 적정성에 관하여 외부평가기관의 평가를 받아야 한다고 규정하고 있을 뿐, 양수도 대상인 자산의 가액을 산정하기 위한 기준과 방법에 관하여 규정하고 있지 않다. 따라서 위 자본시장법령 규정을 이유로 이 사건 감정평가액이 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서에서 정한 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

나아가 원고가 위 자본시장법령의 위임에 의한 규정이라고 주장하고 있는 금융감독원의 ‘외부평가 업무 가이드라인’과 한국공인회계사회의 ‘가치평가서비스 수행기준’은 법령 또는 법령의 위임에 따른 규정이 아닌 내부적 업무처리기준을 정한 것에 불과할 뿐만 아니라, 그 내용 또한 토지, 건물 등 부동산 감정평가 시 고려되어야 할 평가요소, 평가방법 등에 관한 일반원칙들을 규정하고 있을 뿐, 앞서 본 부가가치세법령에서 예정한 것과 같이 토지와 건물 등의 공급가액 산정기준 내지 방법을 구체적으로 규정하고 있다고 보기도 어렵다. 결국 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.“

○ 제1심판결 제14쪽 9행과 10행 사이에 아래 내용을 추가한다.

”② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우“